Na temporada 1997/98, Miguel Cardoso fez parte da equipa técnica da formação Sub-16 do FC Porto, como treinador adjunto de Costa Soares, inicialmente, e, mais tarde, Ilídio Vale. Da mesma equipa técnica fazia parte André Villas-Boas. O FC Porto sagrou-se, nessa temporada, campeão nacional Sub-16.
